Dòng đầu nguồn có tên là sông Say (hoặc suối Say) bắt nguồn từ hợp lưu các suối ở khối núi Ngọc Roo từ độ cao 925 m, nơi 2 huyện giáp nhau là huyện Kon Plông tỉnh Kon Tum và huyện K'Bang tỉnh Gia Lai, chảy về hướng đông nam [2]. 14°32′2″B 108°28′32″Đ / 14,53389°B 108,47556°Đ / 14.53389; 108.47556 (Sông Côn)

Dòng có tên sông Côn bắt nguồn từ phía bắc xã An Toàn huyện An Lão, chảy về hướng tây nam rồi nam, và hợp lưu với sông Say ở rìa bắc xã Vĩnh Sơn huyện Vĩnh Thạnh.

Sau đó sông chảy theo hướng đông nam qua huyện Vĩnh Thạnh nơi có hồ Vĩnh Sơn, thủy điện Vĩnh Sơn, hồ Định Bình, huyện Tây Sơn để rồi gặp các nhánh nhỏ bắt nguồn từ An Khê và Vân Canh tạo thành dòng lớn hơn.

Đoạn giữa ở huyện Tây Sơn có tên là sông Hà Giao. Sau đó nó tiếp tục chảy qua Thị xã An Nhơn và gặp một nhánh khác từ hồ Núi Một (Vân Canh) chảy xuống.

Đoạn hạ lưu chia thành vài nhánh, trong đó một chi lưu có tên là sông Cái. 13°55′3″B 109°2′30″Đ / 13,9175°B 109,04167°Đ / 13.91750; 109.04167 (Sông Côn)

Các chi lưu đổ ra đầm Thị Nại, vịnh Quy Nhơn.